In het archeologisch onderzoek bij de aanleg van de Noord/Zuidlijn in 2005-2010 stond de rivier de Amstel centraal. De diepe bouwputten gaven toegang tot de onderste lagen van de rivierbedding tot 12 m onder NAP. Daarmee kwam nieuwe informatie voorhanden over ontwikkelingen in het landschap en vooral de waterhuishouding vanaf 3.000 v. Chr. Deze spelen een cruciale rol in de vroege geschiedenis van Amsterdam. Volgens de stratigrafische situatie op het Rokin vormde de (huidige) rivier de Amstel zich hier rond. 1.000 v. Chr. De bedding volgde een oude getijdegeul die ergens tussen 3.000 en 1.500 v. Chr actief was. Archeologische vondsten in de getijdegeul gaan terug tot het late Neolithicum. Ze leveren tot nu toe het oudste bewijs voor menselijke bewoning ter plekke in het natte veenlandschap. Nu was er in 2.400-2.000 v. Chr geen sprake van een vaste nederzetting, maar eerder van geïsoleerde boerderijen. Op basis van archeologische voorwerpen uit het Rokin en Damrak lijkt de semi-permanente bewoning zich door te zetten vanaf 900 v. Chr (Bronstijd) tot 1.000 n Chr (vroege Middeleeuwen). Toen kwam hierin een kentering door drastische klimatologische en landschappelijke veranderingen. Het veen werd droger en toegankelijker en het IJ kreeg via de Zuiderzee een open verbinding met de Noordzee. De monding van de Amstel werd dè ideale plek voor een handelsnederzetting in een scheepvaartnetwerk. Volgens archeologische vondsten in Amsterdam was een permanente nederzetting aan de Amstel kort voor 1.200 n. Chr een feit. Lang is aangenomen dat Amsterdam is ontstaan als een dorp van boeren van vissers, maar uit archeologisch onderzoek is gebleken dat 13de-eeuws Amsterdam een nederzetting was van diverse ambachten en handelscontacten die tot ver over de huidige landsgrenzen reikten.